Les échecs des antibiothérapies contre les infections intestinales notamment celle causées par le Clostridium difficile ne sont pas dus exclusivement aux antibiorésistances mais aux effets collatéraux des antibiotiques sur le microbiote intestinal. Ce germe, est responsable de la colite pseudomembraneuse, maladie qui provoque une diarrhée sévère associée à des douleurs abdominales pouvant se compliquer d’une déshydratation grave. L’infection essentiellement nosocomiale souvent réfractaire à tout traitement antibiotique, rend son porteur dépendant de traitements récurrents à la Vancomycine. Ceci entraine malheureusement un déséquilibre et un disfonctionnement du microbiote intestinal. Cette perturbation, en empêchant les actions inhibitrices et de contrôle des germes pathogènes (exclusion compétitive, bactériocines, acidification de la lumière intestinale,…) ouvre la porte à une recolonisation rapide du colon par le C. difficile. Après une lourde antibiothérapie, seule une recolonisation efficace et saine du milieu intestinal permet d’éviter la rechute.
En reprenant une ancienne technique mentionnée dans les écrits de médecine chinoise il y a 1700 ans et plus récemment en médecine vétérinaire équine il y a un siècle, Ben Eiseman et ses collègues médecins du Colorado ont realisé, en 1958, la technique appelée : ‘‘Transplantation fécale’’. Ils ont traité quatre personnes gravement malades avec une colite pseudomembraneuse fulminante (avant que C. difficile soit la cause connue) à l’aide de lavement fécal qui a abouti à un retour rapide à la santé.
Cette technique est une thérapie dont l’efficacité sur le Clostridium difficile dépasse les 90% et permet de restaurer l’écologie microbienne et l’homéostasie de l’intestin et du Colon en transplantant une flore bactérienne saine à partir d’une préparation de matière fécale issue d’un donneur sain sélectionné selon certains critères.
Cette thérapie appelée également ‘‘Bactériothérapie fécale’’ est indiquée essentiellement dans les infections intestinales graves récidivantes ou résistantes aux antibiotiques. Toutefois, d’autres indications potentielles sont en train d’être explorées après la mise en évidence du lien directe entre certaine maladies neurologiques, digestives et inflammatoires avec le microbiote intestinal.
Ce dernier, anciennement appelé « Flore intestinale » est considéré actuellement comme un organe dont l’importance n’a été démontrée qu’après la mise au point des nouvelles techniques de séquençage haut débit du matériel génétique qui ont permis aux chercheurs de caractériser de manière exhaustive l’ensemble des micro-organismes qui colonisent notre tube digestive et qui comptent plus de 100 000 milliard de microorganismes repartis entre plus de 400 espèces différentes.
Les études réalisées durant cette dernière décennie ont démontré que son rôle ne se limite pas uniquement aux processus de digestion mais intervient aussi dans le fonctionnement des systèmes nerveux, immunitaire et cardiovasculaire.
Le succès de la transplantation fécale et la connaissance de plus en plus fine des constituants et du fonctionnement du microbiote ont ouvert des horizons nouveaux pour une approche différente des traitements de certaines pathologies particulières comme le diabète, l’obésité, le syndrome du côlon irritable, MICI et certaines maladies neuro-dégénératives. L’augmentation exponentielle du nombre des publications relatives aux recherches sur le microbiote présage des bouleversements importants dans la médecine de demain.